Liceul a debutat cu un singur profil si in urma legii invatamantului secundar si superior din 1898, Legea Spiru Haret, s-au format doua sectii, o sectie clasica si una moderna, iar din anul 1911 s-a infiintat si sectia reala.
Prestigioasa scoala a beneficiat de profesori ilustri si elevii cei mai silitori si dotati veneau aici chiar si din regat si din Transilvania, provenind din medii diferite. Parintii lor erau proprietari ori arendasi, industriasi, meseriasi, comercianti, functionari, profesori, invatatori, avocati, medici, tarani agricultori.
Vremurile tumultoase au apasat si asupra acestui lacas de invatamant si ideea de a distruge spiritul elitist a determinat o serie de schimbari.
Denumirea scolii a fost modificata, liceul se numea din 1948 Liceul de baieti nr.2 si din 1952 s-a numit Scoala de 10 ani nr. 2 de baieti Iasi, apoi in perioada 1954-1956 s-a numit Scoala medie nr.2 de baieti. In 1950 localul era folosit de Scoala medie muncitoreasca, devenita apoi Facultatea muncitoreasca de 2 ani. Consecintele le cunoastem.
In 1954 s-a desfiintat si bibiloteca scolii, o biblioteca continand aproximativ 10.000 de volume.
Insa din 1956 institutia de invatamant se numeste Liceul Costache Negruzzi si din 1977 a purtat titulatura Liceul de matematica – fizica Costache Negruzzi.
Liceul si-a pastrat spiritul si acest lucru a fost posibil prin forta profesorilor si elevilor care au cautat sa-i respecte numele si au avut sentimentul onoarei de a fi elevi sau profesori in aceasta institutie.
Dupa 1989 liceul a revenit la denumirea de odinioara si bineinteles continua sa fie o institutie de prestigiu. Din 1990 are statutul de scoala afiliata la UNESCO, iar din anul 1998 se numeste Colegiul Costache Negruzzi.
