A fost elev al scolii "Trei Ierarhi", apoi urmeaza gimnaziul la Liceul "Alexandru cel Bun" si la Liceul National. Citeste enorm, scrie, traduce si publica foarte mult in periodice, este atras de perspectiva unei cariere de teoretician literar si eseist, dar si de teatru (de altfel ca fi unul dintre fondatorii teatrului de avangarda Insula, alaturi de Armand Pascal).
Va debuta in volum in 1918 cu Tagaduinta lui Petru, carte aparuta la editura ieseana Chemarea, dar in acel moment Fundoianu deja era destul de cunoscut datorita publicisticii sale. De altfel la doi ani de la aparitia acestei carti Fundoianu era deja o prezenta obisnuita in publicatii diverse, de la Adevarul la Rampa sau Cuvantul liber, unde semneaza note, articole, eseuri, cronici, cu o maturitate si o siguranta a stilului repede remarcate atat de critici, cat si de colegii de generatie sau chiar de autorii mai in varsta.
Fascinat si pasionat de Franta, va publica in 1922 un volum de impresii si note despre literatura franceza, Imagini si carti din Franta, apreciat de critica, si dupa ce se va inscrie la Drept la Iasi va petrece aici urmatorii trei ani. Interesul pentru literatura si mai ales pentru consonantele dintre cultura autohtona si cea europeana, in special cea franceza, este insa categoric mai important decat perspectiva unei cariere juridice, oricat de promitatoare ar fi fost aceasta. Un rol important in decizia tanarului indragostit de avangarda si de literatura a reprezentat-o si respingerea datorata originii sale evreiesti, pe care B. Fundoianu nu o ascunsese niciodata. Si in ciuda faptului ca devenise deja un nume cunoscut alege sa se expatrieze, si unde altundeva decat in Franta pe care o adora si care il fascina.
Ajunge la Paris in 1923, la doar 25 de ani, si va lucra cel putin la inceput in cele mai diverse domenii. Nu se simtea prea singur, pentru ca si sora sa, Lina, pe care o adora, alesese la randul ei sa se stabileasca la Paris impreuna cu sotul, Armanda Pascal, regizor de film si teatru. Il gasim pe B. Fundoianu (care va deveni celebru in lumea literara europeana ca Benjamin Fondane) lucrand in lumea literara, publicand in prestigioase reviste pariziene, chiar la studiouri de film - cinematografia ajunsese si ea sa il fascineze. Traduce in franceza autori romani ca Arghezi, Bacovia, Minulescu, il intalneste pe Lev Sestov (poate cea mai mare influenta din viata sa) publica Rimbaud le voyou, marele sau succes. Pana in 1939 Benjamin Fondane devenise un nume popular si admirat, o prezenta deja obisnuita in publicatiile culturale pariziene, si in acel an primeste in sfarsit si cetatenia franceza.
Din pacate succesul nu il va ajuta sa evite un destin tragic. Odata ce guvernul de la Vichy stabileste noua legislatie antisemita Benjamin Fondane ar fi putut sa paraseasca Franta, sa se refugieze in alta parte, sau cel putin sa renunte la activitatea publicistica. Nu va alege niciuna dintre aceste optiuni, ci dimpotriva, continua sa scrie si sa publice, publicand sub numele sau. Este mobilizat pentru o vreme, capturat de trupele germane (scapa printr-o evadare miraculoasa) si demobilizat din cauza mai multor probleme de sanatate. Isi va petrece urmatorii trei ani la Paris, pana in 1944, sigur ca prabusirea Germaniei este aproape si continuand sa scrie cu o febrilitate ce amintea de tinerete, in special poezie. De altfel cea mai mare parte a operei sale poetice va fi publicata postum, dupa decenii, in volumul Le mal des fantomes.
In 1944, in urma unui denunt, Benjamin si Lina sunt arestati din cauza originii evreiesti si inchisi in lagarul de la Drancy. In urma interventiei mai multor prieteni, printre care se numara si Emil Cioran, Benjamin Fondane isi obtine eliberarea, dar Lina trebuia sa ramana in lagar, neavand inca cetatenia franceza. Benjamin refuza sa isi paraseasca sora si cei doi vor fi deportati ulterior la Auschwitz, in mai 1944. Nu se stie exact ce s-a intamplat cu Lina. Benjamin Fondane a fost gazat in octombrie 1944 la Birkenau. Astazi una dintre poeziile sale, Exodus, gravata in marmura, ii intampina pe vizitatorii Memorialului Victimelor Holocaustului Yad Vashem.