Cea mai cunoscuta dintre picturile sale avea sa fie insa un portret al celebrului om de stiinta Louis Pasteur, o alegere aparent neobisnuita pentru artistul finlandez. Dincolo de distractiile boeme si seriozitatea cu care lucra in atelierul sau - picta si desena foarte mult, cu o seriozitate pe care incerca sa o transmita mai tinerilor sai admiratori - Edelfelt parea a fi la curent cu tot ce se intampla in societatea vremii sale, si astfel in va fi descoperit pe Louis Pasteur. Figura acestuia l-a fascinat. Pana sa inceapa lucrul la portretul acestuia a petrecut luni bune citindu-i acestuia textele stiintifice, cautand in jurnale orice informatii despre acesta, incercand sa il inteleaga cat mai bine inainte de a-l picta. Se poate spune chiar, fara exagerare, ca Pasteur ajunsese pentru pictor o adevarata obsesie, iar portretul avea, fara discutie, sa fie o reusita.
In panza in maniera realista, pictata in 1885, Louis Pasteur este surprins in laboratorul sau din rue d'Ulm, studiind cu atentie un preparat experimental, inconjurat de eprubete, piese, vase, cu cotul sprijinit pe un tom masiv. Este complet absent la ce se intampla afara, in lumea din afara spatiului sau sacru, concentrat doar asupra cercetarilor sale, si este interesant ca Pasteur a pozat in haine foarte elegante, mai potrivite aparent unei iesiri in oras decat muncii de cercetare. Poate sa fie o simpla nota de cochetarie sau asa prefera Pasteur sa se prezinte in fata celor care il vizitau, dar pictorul a reusit sa nu transmita vreo clipa o impresie de fals, de artificial, de "studiu". In lumina filtrata de draperii Pasteur nu apare ca o figura eroica, falsa, artificiala, ci pare extrem de real si de autentic. I se citesc pe chip usoara oboseala, implicarea, pasiunea pentru ceea ce face.
Lucrarea avea sa fie inca din 1886 un adevarat triumf pentru artist. Ii aduce Legiunea de Onoare, o va expune la Salonul de la Paris, iar celebrul Pasteur o va pastra in sufrageria sa. Cel mai frumos compliment pe care il putea primi Edelfelt.
Tabloul face astazi parte din colectiile Muzeului d'Orsay din Paris.