Dupa decembrie 1989, a reusit sa obtina aprobare de a studia documente din Arhivele Securitatii de la colegul sau de facultate Virgil Magureanu si a coordonat volumele deja celebrei Carti albe a Securitatii. Cel mai citit dintre acestea a fost, fara indoiala, "Istorii literare si artistice", tiparit in 1996. Pelin a publicat mai multe carti in care scrie despre spionajul romanesc inainte de 1989, citand documente care nu au mai aparut in arhivele CNSAS. Este vorba despre "Culisele spionajului romanesc" o fresca a serviciului secret extern (DIE) din perioada 1955-1980 cum nu s-a mai scris niciodata in Romania, "Operatiunea Melita si Eterul - Istoria Europei Libere prin documente de Securitate (1999)", "ARTUR - Dosarul Ion Caraion (2001)", "Opisul emigratiei romane (2002)" si "Un veac de spionaj, contraspionaj si politie politica (2003)" - ultimele doua fac radiografia destinelor a mii de oameni tot prin prisma documentelor Securitatii.